（一）侵权主体难明。由于生态环境污染的后果一般具有滞后性，环境类行政执法一般也具有事后性，导致在实际工作中存在侵权主体不明、侵权主体客观上无法履行修复义务，甚至侵权人攫取利益后永居境外等情况。
（二）专项资金不足。基层政府在处理侵权人不明的环境污染问题时，一般只能依靠财政资金进行修复，上级拨付的资金相对于有关需求来说仍是捉襟见肘。当前的财政紧张状况进一步增大了各地落实生态环境保护和修复的难度。
（三）基础设施建设滞后。，现役污水处理厂、生活垃圾填埋场中部分存在长期满负荷或超负荷运行问题；部分应封场的填埋场仍超期服役。同时，部分地区农村生活污水处理设施闲置问题突出，有的乡村污水处理设施建设中断停工，已建成的设施中部分沦为摆设，长期未投入使用。
（四）历史遗留问题多。一方面是由于历史欠账较多，造成生态治理修复难度大。另一方面，有一定数量的农林用地、村镇、交通设施等被划入湿地保护区内，但人民群众并没有真正离开长期生活的土地随着社区人口数量的增加，人与湿地争地的现象更加突出。
二、意见和建议
（一）完善生态环境修复法律法规。针对全国范围内生态修复治理工作中发现的侵权主体有关问题，及时完善相关法律法规查漏补缺。
（二）健全生态修复专项基金有关制度。进一步拓展生态环境修复的资金来源通道，增强生态环境修复资金的社会化、市场化属性，鼓励社会资本积极投入生态环境修复，有效解决生态环境保护工作中的生态修复难题。
（三）加强生态基础设施建设。推动省市县三级联动，，在关键地区和重点修复项目中加强基础设施建设，增强污染处理能力，缓解部分设施高负荷运行状况，推动在建的生态保护和修复有关基础设施高质量完工。
（四）统筹生态建设与民生保障。充分考虑农林复合利用、轮作休耕、农业结构调整等可能对耕地认定的影响，改进永久基本农田红线划定规则和管制规则。同时加大划入湿地保护区内的农民补贴力度。
