但是，近年来，为了保护、支持企业发展，国家出台了企业合规性审查制度，按照该制度规定，公安机关调查完成移交检察机关审查起诉后，检察机关经督促，企业主动配合检察机关、认罪认罚态度较好、完成恢复治理后，可以对企业作出合规并不予刑事起诉的决定。导致在司法实践中，出现以下几个方面的问题，一是检察机关作出不起诉决定后是直接送给当事人和公安机关，并不告知林业行政主管部门，林业行政主管部门对当事人到底最终作出何种制裁不知情；二是免于刑事追究后的后续监管部门没有明确的规定；三是免予刑事制裁后检察机关对应当或者不应当作出罚款不出具检察意见，林业行政主管部门是否能再进行罚款的行政处罚没有依据而无所适从；四是企业既不承担刑事责任又不进行行政处罚，出现违法行为轻微构成行政案件的承担了罚款的处罚、违法行为严重构成刑事案件的却没有任何资金损失，这样不但有失公平，同时也会助长违法占用林地行为，不利于森林资源保护。
建议：
1、明确规定检察机关办理涉林刑事案件，不论是否起诉，均将决定书抄送案发地或案件移送的林业行政主管部门。
2、作出不起诉决定后，必须向案发地或案件移送的林业行政主管部门出具是否应当做出罚款和责令限期恢复林地和林业生产条件的行政处罚的检察意见书，由相关林业行政主管部门依据检察意见书对涉案企业行使管辖权进行行政处罚和恢复治理的监督。
3、在司法机关承办涉林刑事案件时，加强与移送案件林业行政主管部门的沟通，由移送案件林业行政主管部门出具意见书，证明涉案企业积极配合调查，及时恢复植被和林业生产条件并经验收合格。以此作为企业合规、免于刑事起诉的前置条件或者裁量依据。
4、根据林业案件恢复植被季节性强、恢复周期长的实际情况，设定一个合理的恢复期，将恢复期间不计算在案件办理期间内，待恢复期结束、经过验收后继续进行下一程序的进行。
